De film begint met een flashback uit de eerste film, waarin nogmaals te zien is hoe Gandalf met de Balrog vecht en samen met de demon in de afgrond stort.

Na het gezelschap te hebben verlaten, reizen Frodo en Sam samen verder naar Mordor. Ze worden achtervolgd door Gollem, die zijn ”lieveling” terug wil. Hij valt de twee aan, maar Frodo slaagt erin Gollem te overmeesteren. Sam wantrouwt Gollem, maar Frodo ziet in Gollem een perfecte gids om hen naar Mordor te leiden. Gollem is immers kort geleden uit Mordor ontsnapt. Gollem stemt toe de twee Hobbits naar Mordor te brengen.

Ondertussen worden de Hobbits Merijn en Pepijn door een groep Uruk-hai naar Isengard gebracht, achtervolgd door Aragorn, Legolas en Gimli. De tocht leidt hen door het koninkrijk van Rohan. De koning van dit rijk, Théoden, is mentaal en fysiek sterk verzwakt door toedoen van zijn dienaar, Gríma Slangtong, die in het geheim voor Saruman werkt. Orks en Uruk-hai houden flink huis in het land en doden onder andere de enige zoon van de koning, Théodred. Théodens neef Éomer doorziet het bedrog van Gríma, maar voor hij iets kan ondernemen wordt hij door Grima verbannen van het hof. Samen met een groep soldaten die nog loyaal is aan de koning trekt Éomer weg uit het koninkrijk.

Frodo en Sam doorkruisen de Dode Moerassen, alwaar ze bijna worden gezien door de Nazgûl, die nu reizen op vliegende wezens. Gollem brengt de twee Hobbits naar de Zwarte Poort, de toegangspoort naar Mordor, maar die is zwaar bewaakt. Gollem beweert een veiligere weg naar Mordor te kennen.

Die nacht overvallen Éomer en zijn soldaten de groep Orks en Uruk-hai die Merijn en Pepijn had ontvoerd. In het gevecht kunnen de twee Hobbits ontkomen. Ze vluchten een bos in, alwaar ze Boombaard ontmoeten, de oudste van de Enten. Éomer komt later Aragorn, Legolas en Gimli tegen, en vertelt hen over de slachtpartij. Het drietal haast zich naar de plek van het gevecht. De hobbits zijn al vertrokken met de Enten, maar de drie vinden tot hun verbazing wel Gandalf. Deze blijkt na zijn dood door de Balrog te zijn herboren als de sterkere Gandalf de Witte. Het viertal reist af naar Edoras, waar Gandalf Sarumans macht over de koning verbreekt. Nu Théoden weer bij kennis is, laat hij zijn volk evacueren naar een vallei genaamd Helmsdiepte. Gandalf vertrekt om Éomer en zijn soldaten te vinden. Gríma Slangtong, die door Théoden verbannen was, vlucht naar Isengard om Saruman het nieuws te vertellen. Saruman besluit met zijn leger Helmsdiepte aan te vallen. Het leger van Rohan, dat op weg is naar Helmsdiepte, wordt aangevallen door de Warg-ruiters van Saruman, geleid door Sharku. Tijdens de strijd weet Aragorn Sharku dodelijk te verwonden, waardoor Sharku van zijn Warg valt. Aragorn blijft echter aan één van de beugels van het zadel van Sharku's Warg hangen waardoor hij samen met de Warg vanaf een klif in een rivier stort. Sharku denkt dan ook dat Aragorn dood is en wanneer Gimli hem naar Aragorn vraagt, meldt hij de dood van Aragorn. Dat wenst Legolas op dat moment niet te geloven en maakt Sharku uit voor leugenaar. Sharku lacht nog even sarcastisch en sterft. Aragorn heeft de val echter wonderbaarlijk overleefd, komt uren later op de rivieroever bij, zijn paard heeft hem zowaar opgezocht en hij reist alsnog de anderen achterna naar Helmsdiepte. Onderweg ontwaart hij Sarumans leger van minstens 10.000 Uruk-hai. In Helmsdiepte zijn slechts 300 mensen aanwezig die kunnen vechten.

Gollem krijgt ondertussen een steeds groter conflict met zijn reisgenoten. Zijn goede kant (Sméagol) wil vriend worden met Sam en Frodo. Gedrieën worden ze gevangengenomen door soldaten van Gondor. De leider is Faramir. Hij ontdekt dat Frodo de Ene Ring bezit en wil deze naar zijn vader, de stadhouder van Gondor, brengen om zijn waardigheid te bewijzen.

In Helmsdiepte krijgen de mensen versterking van een groep Elfen uit Lórien, geleid door Haldir. Ondertussen proberen Merijn en Pepijn de Enten over te halen Isengard aan te vallen.

In de stromende regen barst de strijd om Helmsdiepte los. De Uruk-hai slagen erin door de muur te breken. Na een hevige strijd dringen de Uruk-hai het fort van Helmsdiepte binnen. Met moeite kunnen Aragorn en de anderen stand houden tot zonsopkomst. Bij zonsopkomst verschijnt Gandalf met Éomer en tweeduizend soldaten. Dit leger slaagt erin de Uruk-hai te verslaan. Bij Isengard besluiten de Enten aanvankelijk niet ten strijde te trekken tegen Saruman, maar wanneer ze de ravage zien die Saruman heeft aangericht in het bos rondom Isengard veranderen ze van gedachten. De Enten vernietigen Sarumans kamp, en zorgen ervoor dat Saruman niet uit zijn toren kan.

In de ruïnes van Osgiliath worden Faramir en de Hobbits aangevallen door een Nazgûl. Sam kan Faramir overtuigen hem, Frodo en Gollem te laten gaan om de Ring te vernietigen, aangezien dat aan alle ellende een eind maakt. Samen met Gollem vertrekken de twee Hobbits weer. Gollem voelt zich verraden door de Hobbits daar ze hem niet hielpen toen Faramirs mannen hem vingen, en hij vervalt weer in zijn oude gedrag. Beseffend dat hij de Hobbits zelf niet aankan, besluit hij ze naar "Shelob te lokken.