De film begint met een flashback die toont hoe 500 jaar geleden Sméagol de Ene Ring in handen kreeg en deze hem langzaam veranderde in Gollem.

Gollem doet nog altijd dienst als gids voor Frodo en Sam, die hij naar Minas Ithil brengt. Aragorn, Legolas, Gimli, Gandalf, Théoden en Éomer arriveren ondertussen bij het door de Enten veroverde Isengard, waar ze Merijn en Pepijn terugvinden.(In de Extended editie verwondt Grima Slangtong Saruman en valt hij van de toren. Legolas vermoordt Grima. Saruman wordt gespiest en glijdt in het water. De Palantír valt hierdoor in het water. In de film laat Gandalf Saruman en Grima onder bewaking van Boombaard. Hoe de Palantír in het water terechtkomt, is dan onbekend. Waarschijnlijk bij de vernietiging van Isengard door de Enten.) Pepijn vindt in het water de Palantír van Saruman. Die avond besluit Pepijn er, tegen Gandalfs advies in, in te kijken. Hij ziet hoe Sauron een aanval beraamt op de stad Minas Tirith. Sauron ziet door de Palantir echter Pepijn en denkt dat hij de Ene Ring heeft. Gandalf besluit Pepijn in veiligheid te brengen en neemt hem mee naar Minas Tirith om de bevolking te waarschuwen.

In Minas Tirith bezoeken Gandalf en Pepijn de stadhouder Denethor II, die nog altijd rouwt om de dood van zijn zoon Boromir. Pepijn probeert het goed te maken door loyaliteit aan Denethor af te zweren. Ondertussen, in Mordor, bereidt het leger van Sauron, onder leiding van de Tovenaar-koning van Angmar, zich voor op de aanval. Sam, Frodo en Gollem zijn er getuige van hoe het leger de stad Minas Ithil verlaat. In Minas Tirith wil Denethor niets weten van Gandalfs waarschuwing. Hierop laat Gandalf Pepijn het noodbaken ontsteken zodat het leger van Rohan denkt dat Gondor hen te hulp roept. Aragorn krijgt bezoek van Elrond, die het zwaard Narsil (waarmee Sauron ooit werd verslagen door Isildur) heeft laten hersmeden tot Anduril. Aragorn accepteert het zwaard en zijn lotsbestemming als koning van Gondor. Hij besluit om voor de aankomende strijd een beroep te doen op het vervloekte Leger der doden.

De strijd om Minas Tirith barst los. Het leger van Sauron slaagt erin binnen te dringen in de stad. Ondertussen, in Mordor, leidt Gollem Frodo en Sam in een val. Hij lokt hen naar het hol van de enorme spin Shelob. Frodo wordt door de angel van de spin gestoken, maar Sam kan haar wegjagen. Denkend dat Frodo dood is, neemt Sam de Ring van hem over om deze te vernietigen. Pas later hoort hij dat Frodo enkel verdoofd is, en hij volgt de groep Orks die Frodo hebben gevangen.

In het heetst van de strijd arriveert Aragorn met het leger van de doden. De kansen keren voor Gondor en Saurons leger wordt snel verslagen. De Tovenaar-koning sterft in een gevecht met Éowyn en Merijn. Nu het leger is verslagen, bevrijdt Aragorn het leger der doden van hun vloek zodat ze in vrede kunnen rusten.

Sam redt Frodo en samen vervolgen ze het laatste stuk van de reis naar de Doemberg. Aragorn komt ondertussen met het idee om de poort van Mordor aan te vallen en zo Sauron lang genoeg af te leiden voor Frodo en Sam om hun doel te halen.(In de Extended Editie komt eerst de Mond van Sauron naar buiten die wordt gedood door Aragorn. In de normale film komt gelijk het leger van Mordor naar buiten en is de Mond van Sauron geskipt.) Het plan slaagt en Frodo en Sam bereiken onopgemerkt de Doemberg. Het is nu aan Frodo om de Ring in de lava te gooien. Maar net als bij Isildur duizenden jaren geleden, blijkt de macht van de Ring op het laatste moment ook te groot te zijn voor Frodo, en hij wil de ring zelf houden. Dan duikt Gollem weer op en valt Frodo aan. In de worsteling ontneemt Gollem Frodo de Ring. Al snel vechten Frodo en Gollem tegen elkaar om de Ring en door dat gevecht valt Gollem met Ring en al in de lava. De Ring wordt vernietigd. Tegelijk begint ook Mordor uiteen te vallen. De toren van Sauron stort in en de rest van zijn leger wordt gedood.

Sam en Frodo kunnen uit de Doemberg ontsnappen en worden gered door Gandalf op een enorme adelaar. Hij brengt het tweetal terug naar Minas Tirith, waar ze herenigd worden met hun vrienden.

Aragorn wordt op de binnenplaats van Minas Tirith tot koning gekroond en een nieuw tijdperk breekt aan voor Gondor en Midden-aarde. De Hobbits keren weer huiswaarts, waar Sam trouwt met Roosje Katoen. Frodo schrijft al zijn belevenissen op in het boek dat Bilbo hem gaf en geeft het boek vervolgens door aan Sam voor eventuele extra toevoegingen. Aan het eind van de film verlaat Frodo samen met Gandalf, Bilbo, Elrond en Galadriel in de Grijze Havens voorgoed Midden-aarde.